Belén fue fundada el 13 de septiembre de 1762 durante la Colonia, por tanto su nombre no es de origen chibcha. En sus inicios, Belén correspondía a un caserío muisca gobernado por el cacique Cerinza. Originalmente el área que hoy ocupa el Municipio de Belén se encontraba habitada por Indígenas Chibchas, que dominaban el Altiplano Cundiboyacense, los cuales fueron reducidos a resguardos tras la fundación del municipio por colonizadores Españoles en mayo de 1762, quienes manejaron desde el comienzo la mayoría de las actividades productivas del municipio, quedando relegados a los descendientes de indígenas, actividades como la manufactura de artesanías, ollas de barro y ruanas.
El 18 de julio de 1819 el Libertador simón bolívar llegó a Belén y posó en la casa del reconocido patriota señor don Juan José Leyva. Allí designó al niño Pedro Pascasio Martines al cuidado de sus caballos. El gobierno nacional instituyó el premio de ética republicana, en homenaje a este niño héroe belemita de 12 años, quien no se dejó sobornar e hizo prisionero al coronel Barreiro, jefe de las tropas españolas, en la Batalla de Boyacá , el 7 de agosto de 1819.
